Soja hat sich bei Mensch und Tier vielfach als eine Ursache von Kropf und Schilddrüsen-Unterfunktion erwiesen. Bei Säuglingen, die Sojamilch bekamen, wurden vermehrt Autoimmunerkrankungen der Schilddrüse beobachtet. Im Tierversuch löste entfettetes Sojamehl bei Jodmangel sogar metastasierende Carcinome der Schilddrüse aus. Als Ursache erwiesen sich Genistein und Daidzein. Sie beeinträchtigen die thyreoidale Peroxidase, die Jod an Tyrosin anlagert und somit zur Synthese von Schilddrüsenhormonen beiträgt.

Die Isoflavonoide bewirken zweierlei: Erstens werden sie leichter jodiert als Tyrosin, wobei jodierte Isoflavonoide unbekannter Wirkung entstehen. Zweitens kommt es unter Jodmangel zusätzlich zu einer irreversiblen Inaktivierung der thyreoidale Peroxidase. Da die gleichen nachteiligen Effekte auch bei flavonoidreicher Kost bekannt wurden, sollten Vegetarier auf eine ausreichende Jodzufuhr achten.

Anmerkung: Dies könnte ein Grund dafür sein, daß sojareiche Kostformen nicht selten mit jodreichen (z.B. Algen und Tang in Japan) kombiniert sind.